1947年7月，陶行知病逝。正赶暗杀风波，陈鹤琴不顾个人安危，主持治丧工作，他在公葬仪式上宣读祭文，泣不成声。次年，他接连收到两封恐吓信却不为所动。
陈鹤琴自留学归国，先后创办了南京鼓楼幼稚园、燕子矶幼稚园、上海劳工幼儿团，均是幼儿教育的实验基地。
在此基础上，1940年他又创办了江西省立实验幼稚师范学校，将主要精力集中于“活教育”系统理论建设和幼稚师资培养方面。1943年，该校升为国立幼稚师范学校。1946年他来到上海，又创办了上海市幼稚师范学校。这两所师范院校，为我国当时刚起步的幼教师资培养提供了最佳范本，在我国儿童教育史上具有里程碑意义。
在我国儿童教育领域，陈鹤琴拥有无可争辩的权威地位。1929年“中华儿童教育社”成立，他被推选为主席，该社是当时我国最大的儿童教育学术团体和研究、推动儿童教育的中心。他曾在1947年9月于自己主办的《活教育》杂志上，回应了陶行知“只要你真的有些思想，会有后人替你理出来”的遗言。