从中日甲午战争后的戊戌维新运动起，中西文化论争已经深入文化的制度层面和精神层面，这是这个阶段论争的一个特点。当时的维新派和守旧派虽然论争了许多问题，但中心问题是要不要用君主立宪制度取代君主专制制度、要不要用民主平等改造纲常名教的问题。同时这一时期的论争主体与洋务时期的论争主要发生在统治阶级内部完全不同，论争主体的组成结构发生了新的变化。维新派作为论争主体的重要一方，已经脱离了旧式士大夫阶层，是中国历史上最早的一批资产阶级知识分子。由于历史条件的限制，他们中的多数人虽不是出自近代学堂，但都通过不同途径接受了西学，具备了近代知识结构，并积极参与近代文化事业，带有近代知识分子的基本特征。从论争主体的另一方看，这时期洋务派也加入顽固派的阵营中来。前面已经谈到，尽管洋务派在对待西学的问题上与顽固派发生了论争，但两者维护封建统治的目的是一致的，它不会也不允许有任何触动或威胁传统封建体制及其意识形态的举动。因此在维新思潮冲击“中体”的情况下，他们便和顽固派一起，反对维新变法，维护封建专制和纲常名教。总之，由于新式知识分子的崛起并介入，使戊戌维新时期的文化论争带上了阶级斗争的性质。从而使论争无论从深度上还是广度上都比以前有了质的变化。