经郑成功的哥哥郑泰同意后，诸将给郑成功送去公启，启本中有“报恩有日，侯阙无期”的话。明确表达了金、厦诸将联合抗命的意思。郑成功阅信后，心中愤懑已极。五月初一日，身感不适，仍每天登将台，手持望远镜眺望澎湖方向有没有船来。因而患上风寒，到了第八天，突然发狂地喊叫道：“吾有何面目见先帝于地下也？”既而用两手抓面而逝。所以，《台湾通志》上说郑成功是死于感冒风寒。[4]
郑成功逝世后，在台诸将举郑经弟郑袭护理国事，而黄昭、萧拱宸等人又以郑经“乱伦”“不堪为人上”，拥郑袭为东都主，并分兵准备抗拒郑经。消息传来，郑经即在思明继位发丧，以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫，整师准备渡台。
这时清靖南王耿继茂、总督李率泰遣人前来议抚，郑经执“按朝鲜事例，不削发，称臣纳贡”，议未成。同年十月，郑经率师东渡，迅速平定黄昭、萧拱宸之叛。翌年正月，返回思明。六月，以其伯父郑泰支持黄昭拥郑袭拒己，假意置酒邀郑泰议事，伏甲兵而杀之。郑泰死后，其弟郑鸣骏、子郑缵绪即率所部入泉州降清。十月，清廷调集大军，会合投诚诸军及荷兰舰队进攻金、厦，郑经不敌，退守铜山（今东山县）。这时，耿继茂、李率泰又遣人议抚，郑经仍执前议，声言：“若欲削发、登岸，虽死不允。”