南通博物苑是中国人自己创办的综合性博物馆的开端，因为其在早期附属于南通师范，其主要任务是配合学校教学，故而南通博物苑也是中国较早的学校博物馆。南通博物苑的建立，在中国博物馆史上开风气之先，对中国博物馆事业的发展做出了卓越的贡献，在宣传先进自然科学和祖国优秀文化遗产方面起过积极作用。
南通博物苑促进了中国博物馆事业的初步建立。1905年，学部侍郎严修在其家乡天津的城隍庙，开办了教育品陈列室，陈列理化仪器、博物标本等诸多展品，供人观览。1906年，北京成立师乐善园（俗称三贝子花园，后更名万牲园），并设农事试验场和自然标本陈列室，1908年开始对外开放。同年，在山东泰安也创设了教育博物馆，将从日本购得的多种教育用品一一陈列，任人观览。两江总督端方也在北京琉璃厂海王村创办了陶斋博物馆，展出个人收藏品。在南通博物苑创建前后也出现了一批反映民族工商业发展的陈列馆（所），虽然它们在体制、内容等方面还有不完善的地方，但也构成了中国博物馆事业建立初期的一道风景线。主要单位有：1902年天津考工厂陈列馆，1906年改名为劝工陈列所，展品分本省、外省及国外参考三部分。1904年河南省城的劝工陈列所，凡旧有生产，新造各货均罗列其间。1905年直隶省的国货陈列馆和山东省立图书馆的金石保存所。1906年湖南省商品陈列馆，南京的江南商品陈列所。1907年至1909年，奉天、江西、江苏、贵州等地均设置了类似的陈列所（室）。