巴加扎曾试图使胡图族人进入政府和武装部队，他任命了一些胡图族人的部长，并将一些胡图族人拉进到执政的民族统一进步党的政治局。布隆迪武装部队一直为图西族所控制，巴加扎却批准招收胡图族军官。巴加扎这一部族平衡的措施遭到不少图西族人的反对，图族人担心胡图人进入武装部队后将会挑起更多的部族冲突，他们还害怕胡图族的报复。于是，图西族人武装部队参谋部作战和训练局局长皮埃尔·布约亚少校积极组织政变。预谋政变集团的还有布隆迪第二大城市基特加驻军司令鲁菲里少校、布琼布拉伞兵突击队第一营指挥官热拉尔西沙·哈约少校、布琼布拉军事学院让·克洛德·恩迪约中校和埃德蒙·恩德加卡齐上校、军事法庭庭长艾蒂安·辛达赫布拉等。他们决定趁巴加扎总统赴加拿大参加国家首脑会议的时机发动政变。
凌晨突袭
1987年9月3日凌晨，在政变指挥中心的命令下，驻扎在首都的陆军和伞兵进入首都布琼布拉，随即占领电台、通讯设施、政府机构等要害部门，切断了布琼布拉与外界的一切联系，控制了市区。政变部队逮捕了国家保安局局长恩达巴内泽中校，武装部队参谋长卡伦佐上校和国防秘书长波罗塔上校被软禁。在整个政变过程中，没有遇到有组织的抵抗，几乎没流一滴血。