The Council for Trade in Goods, the Council for Trade in Services and the Council for TRIPS shall establish subsidiary bodies as required. These subsidiary bodies shall establish their respective rules of procedure subject to the approval of their respective Councils. [3]
三个附属理事会都在总理事会的指导下开展工作，负责监督货物贸易多边协定、服务贸易多边协定和与贸易有关的知识产权协定的执行。每个理事会都应当建立起相应的程序规则，这些规则要经过总理事会的批准。每个理事会都应当向所有的成员开放。理事会可以在需要的时候召开会议。另外，各理事会在必要时还可设立附属机构。
目前，货物贸易理事会下设的附属机构有：市场准入委员会、农产品委员会、卫生与植物检疫措施委员会、与贸易有关的投资措施委员会、原产地规则委员会、补贴与反补贴措施委员会、海关估价委员会、技术贸易壁垒委员会、反倾销措施委员会、进口许可证委员会和保障措施委员会，另外还设有一个国营贸易公司工作组。[4]为了方便1997年通过的《信息技术协定的》[5]（Information Technology Agreement）的实施，货物贸易理事会还建立了信息技术协定委员会。服务贸易理事会下设的附属机构有：金融服务贸易委员会、具体承诺委员会和国内管理措施工作组、服务贸易总协定规则工作组。与贸易有关的知识产权理事会目前虽然没有设立下属机构，但在需要时可以随时设立。