（五）合并管辖
《民事诉讼法》第3条之六规定合并请求的管辖权规则。如果一个起诉中包含数个请求，日本的法院对其中的一个请求享有管辖权，而对于其他的请求不具有管辖权时，仅在该请求与其他的请求之间具有密切的关联时，可以在日本的法院提起诉讼。该条但书规定，当数人提起诉讼或针对数人提起的诉讼时，仅限于《民事诉讼法》第38条前段规定的情形。《民事诉讼法》第38条前段是有关必要共同诉讼的规定，即作为诉讼标的之权利或义务共同属于数人时，或者基于相同的事实及法律上的原因，数人可以作为共同诉讼人起诉或被诉。
（六）协议管辖
在涉外民商事交往中，协议管辖非常重要。《民事诉讼法》第3条之七用较大篇幅规定日本涉外民商事诉讼的协议管辖。根据该条的规定，当事人可以协议选择任何国家的法院提起诉讼，但必须基于一定的法律关系提起的诉讼，并必须采用书面形式。对于书面形式的解释，第3条之七③的规定以电磁记录等可供电脑信息处理的方式提供的记录，也可以视为书面形式。此外，第3条之七④也明确如果当事人达成仅选择一国法院管辖的协议，但该外国法院在事实或法律上不能行使裁判权时，则该协议不能被援用，以杜绝具体案件不能接受审判的风险。此外，该条还对将来发生的消费者合同有关的纠纷和将来发生的劳动关系民事纠纷作为合意对象的协议管辖做出了具体的限制。